本連盟は、当法人の目的に賛同する団体又は個人を当法人の会員とすることができます。当該団体で会員となったものを「団体会員」、当該個人で会員となったものを「個人会員」と称します。全国47都道府県剣道連盟を地方代表団体とし、これに所属する会員を個人会員とみなします。
このほかに、組織関係団体として全国組織をもって活動している「全日本実業団剣道連盟」、「（一財）全日本学校剣道連盟」、「全日本学生剣道連盟」、「（一財）全日本剣道道場連盟」、「（公財）全国高等学校体育連盟剣道専門部」、「（公財）日本中学校体育連盟」、「全日本官公庁剣道連盟」、「（公財）全国高等学校体育連盟定時制通信制剣道部」、「全日本高齢剣友会」があります。
本連盟の評議員の員数は47名以上60名以内としています。評議員は評議員会を組織し、理事及び監事の選任を行うほか、計算書類の承認など定款に定められた事項について決議します。評議員の任期は４年で、無報酬です。
役員の員数は、理事５名以上39名以内及び監事３人以上５人以内となっています。
理事の内１人を代表理事とし、「会長」と称します。業務執行理事として、副会長３名以内、専務理事１名及び常任理事（会計担当理事を含む。）12名以内を置くことができます。
理事及び監事は評議員会で選任され、会長、副会長、専務理事及び常任理事は理事会の互選によります。役員の任期は２年で、無報酬です。
常任理事は理事会の決議に基づき、日常の業務を各々の分担により処理します。
理事は、理事会を組織して本連盟の業務を決議し執行する機関です。
顧問、相談役、審議員、参与は理事会の決議を経て、会長から委嘱され、それぞれ定められた事項について諮問に答えます。
理事会の下に専門委員会（総務、普及、女子、指導育成、称号・段位、試合・審判、社会体育指導員、アスリート、国際、居合道、杖道、医・科学、アンチ・ドーピング、広報）が設置されています。各委員長は原則として常任理事が選任されます。さらに、各委員会は必要に応じ、小委員会又は部会を設けることができます。
本連盟の事務を処理するために、事務局が置かれています。事務局には担当業務により総務（マーケティング室含む）、情報広報、経理、事業、国際、登録の６部があります。
